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取消农村信用社的短信服务费功能并设置密码，可以通过以下几种方式操作。
1、柜台取消：携带有效身份证件和银行卡前往农村信用社的网点柜台进行办理，填写相关的申请表格，选择取消短信服务的功能并设置密码。
2、电话取消：拨打农村信用社的服务热线，选择人工服务，告知客服人员需要取消短信通知服务，同时设置密码，客服人员会根据您的身份信息进行验证，确认无误后即可办理取消服务。
3、网上银行取消：登录农村信用社网上银行，进入账户管理或消息服务定制页面，选择取消短信通知功能并设置密码。
具体的操作步骤可能因地区和服务渠道的不同而有所差异，为确保成功取消短信服务费功能并保障账户安全，建议您在操作前详细咨询当地农村信用社的服务人员或参考其官方网站上的操作指南。